在生物果殼活性炭處理中，果殼活性炭的使用壽命比從吸附現象預測的要長的現象表示，吸附在果殼活性炭上的有機物質被微生物攝取，活性炭的吸附性能得到恢復。可以認為，水中的有機物濃度通過生物分解降低以后，吸附在活性炭中的有機物發生脫附，脫附后的有機物被微生物攝取，從而成為微生物再生對象的有機物，僅限于具有生物分解性能的有機物質。而且，有機物從活性炭上脫附的難易程度是由有機物的性質所決定的。
不是在塔內進行再生的微生物再生工藝也有一些提案。與塔內再生一樣，對難分解性物質的再生有困難。此外，也有人研究用微生物對吸附了農藥之類的活性炭進行幾十天以上的長期處理，以期恢復果殼活性炭的吸附性能，但該項研究工業上難以實施。
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