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臭氧殺菌類屬于生物化學氧化反應。臭氧氧化分解了細菌內部葡萄糖所必須的酶；也可以直接與細菌、病毒發生作用，破壞其細胞壁和核糖核酸，分解DNA、RNA、蛋白質、脂質類和多糖等大分子聚合物，可以滲透到胞膜組織，臭氧發生器進入細胞膜內的內部脂多糖于外膜脂蛋白發生反應，使細菌的物質發生通透性畸變，導致細胞的溶解死亡，并且將死亡菌體內的遺傳基因、寄生菌種、寄生病毒粒子、噬菌體、支原體及熱原（細菌病毒代謝產物、內毒素）等溶解變性死亡。
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